流感疫苗是不活化疫苗，接種後不會造成流感感染。接種季節性流感疫苗後48小時內如有發燒反應，應告知醫師曾經接種過流感疫苗，作為診斷參考。接種48小時後仍然持續發燒時，應考慮是否另有其他感染或引起發燒的原因。

即使接種過當季流感疫苗仍可能感染流感，這可能是由於以下原因：

1. 可能在接種疫苗前不久或在疫苗產生完整保護力前（約於接種疫苗後兩週內）即感染流感病毒。
2. 可能感染了未包含於當季流感疫苗內的流感病毒。每年有許多不同的流感病毒在流行，流感疫苗內僅包括根據監測結果顯示最可能流行流感病毒。
3. 即使接種了流感疫苗，因疫苗提供的保護力會隨接種者的年齡和健康狀況而有所差異，有些人仍可能感染疫苗內所包括的流感病毒。一般來說，流感疫苗保護力在健康的年輕成人和較大的孩童間最佳，年長者和患有某些慢性疾病的人在接種疫苗後保護力稍差。