普通感冒的致病原是多達數百種不同的病毒和細菌，流感則是由流感病毒引起的急性呼吸道傳染病，兩者並不相同；流感疫苗所包含之病毒株僅包含目前最常流行之4種病毒型別，加以病毒易突變特性，故於接種流感疫苗後，是有可能感染其他型別流感。

另外，個人接種流感疫苗後產生之保護效果亦有個別差異，故少數人也有可能在保護力不足的情形下感染病毒。