普通感冒的致病原是多達數百種不同的病毒和細菌，流感則是由流感病毒引起的急性呼吸道傳染病，兩者並不相同；流感疫苗所包含之病毒株僅包含目前最常流行之4種病毒型別，加以病毒易突變特性，故於接種流感疫苗後，是有可能感染其他型別流感。

另外，個人接種流感疫苗後產生之保護效果亦有個別差異，故少數人也有可能在保護力不足的情形下感染病毒。

即使接種過當季流感疫苗仍可能感染流感，這可能是由於以下原因：

1. 可能在接種疫苗前不久或在疫苗產生完整保護力前（約於接種疫苗後兩週內）即感染流感病毒。
2. 可能感染了未包含於當季流感疫苗內的流感病毒。每年有許多不同的流感病毒在流行，流感疫苗內僅包括根據監測結果顯示最可能流行流感病毒。
3. 即使接種了流感疫苗，因疫苗提供的保護力會隨接種者的年齡和健康狀況而有所差異，有些人仍可能感染疫苗內所包括的流感病毒。一般來說，流感疫苗保護力在健康的年輕成人和較大的孩童間最佳，年長者和患有某些慢性疾病的人在接種疫苗後保護力稍差。